O Museu de Imagens do Inconsciente surgiu a partir do trabalho da psiquiatra Nise da Silveira nos ateliês da terapia ocupacional do Centro Psiquiátrico Pedro II, no bairro do Engenho de Dentro. Por ser contra a terapia de eletrochoque, medicação indiscriminada e lobotomia em pacientes do hospital, Nise foi direcionada para esta ala, considerada inferior pelos psiquiatras da instituição na época.
Ao fornecer materiais de arte, pintura e papéis para os clientes (termo empregado por Nise da Silveira, no lugar de pacientes) que antes faziam apenas limpeza no local. O resultado da produção dos clientes foi tão impressionante, que Nise da Silveira chegou a se corresponder com o Carl G. Jung, psiquiatra suíço, que ao ver o resultado das obras julgou ser o ambiente de produção cercado de simpatia e de pessoas que não tinham medo do inconsciente. Assim, Nise nomeou as produções artísticas de Imagens do Inconsciente.
Em 9 de setembro de 1946, foi aberto o ateliê de pintura e em dezembro daquele mesmo ano foi feita a primeira exposição destas obras no espaço do próprio hospital. Em 1952, foi criado o Museu de Imagens do Inconsciente. Nas décadas seguintes o Museu de Imagens do Inconsciente foi se estruturando institucionalmente, sendo admitido pelo International Council of Museums.
Em 1981 foi transferido para uma nova sede, com um prédio de 2 andares, mais acolhedor às múltiplas atividades de estudo, terapia e pesquisa nele desenvolvidas. No ano de 2000, o Hospital Pedro II é municipalizado, e em homenagem a Nise da Silveira passa a se chamar Instituto Municipal Nise da Silveira. Em 2020 passou a ter apoio do convênio IPHAN e SAMII.
O Museu conta hoje com um acervo estimado em 350 mil obras. No seu site (www.museuimagensdoinconsciente.org.br) é possível conhecer um pouco da história dos artistas clássicos, que iniciaram a terapia com a Dra. Nise ainda na década de 40, e artistas contemporâneos. A história e o surgimento do Museu são importantes na luta antimanicomial.
