A paróquia de Nossa Senhora da Conceição e São José tem sua origem interligada a história da comunidade do Engenho de Dentro. Cerca de 40 anos após a fundação das Oficinas dos trens na localidade, os habitantes locais protocolaram um pedido ao então cardeal do Rio de Janeiro, Dom Joaquim Arcoverde de Albuquerque Cavalcanti, para que fosse instalada uma Paróquia com o objetivo de atender aos residentes e trabalhadores da região ao longo da estação do Engenho de Dentro da Estrada de Ferro Central do Brasil, no ano de 1914.
Em 1915, mais precisamente no dia 26 de outubro, foi fundada a paróquia que teve o primeiro padre empossado no dia 01 de janeiro de 1916: o Monsenhor Antônio Jeronymo de Carvalho Rodrigues, que ficou à frente da paróquia até 1943. A paróquia funcionou em uma capela provisória até adquirir o terreno onde hoje funciona. A primeira missa da Matriz neste terreno, em uma construção provisória, foi realizada no dia 28 de dezembro de 1919.
Em 1928 se iniciou a construção da Matriz definitiva da paróquia, terminada apenas na década de 1950. Os primeiros paroquianos afirmam que o Monsenhor Rodrigues chegou a construir um parque de diversões chamado Mafuá no terreno da Igreja para arrecadar, com a venda dos ingressos, fundos para a construção do prédio oficial.
Outra forma de arrecadação era através de moedas que os passageiros do trem jogavam das janelas em um lençol estendido pelas catequistas da paróquia em frente à casa paroquial.
O prédio terminado na década de 1950 tem estilo gótico, com alguns elementos ecléticos e neoclássicos. Permanece atualmente e foi tombado por decreto municipal do Rio de Janeiro (Nº14.623) em 12 de março de 1996, comprovando o caráter histórico, artístico, cultural e ambiental do monumento.
A paróquia tem como principal objetivo o acolhimento e a caridade, tendo constituído uma pastoral que atende a população em situação de rua desde abril de 2014.
